Another Dimension ~閉じ込められた学園~主人公の『守谷賢護(もりやけんご)』は、ごく普通の学生。
ある日、クラスに女の転校生がやってくる。
『神原未影(かみはらみかげ)』。仏頂面で、明らかに周囲に馴染めない転校生。
しかし、賢護はちょっとしたきっかけから彼女とよく話すようになる。
ある日、クラスメイトが大慌てで飛び込んでくる。
『おい、学院から人間が消えてるぞ!』
調査した結果、なぜかこのクラス以外の人間が消滅していることが判明する。
クラス委員長で賢護の友人である達也は、クラスメイト達をまとめながら、
ちょうど日直だった賢護と未影に学院内の探査を命じる。
その結果、なぜか学院から一歩も出ることができないと判明し、
完全に世界から孤立した状態にあることを知る。
不可思議な閉鎖空間に、学院と共に取り残された賢護とクラスメイト達。
忍び寄る不安は、彼らを段々狂気へと導いていく。